Liste de toutes les manifestations à venir et passées proposées par l'équipe MDSC.

Liste des manifestations passées

Jeudi 16 novembre 2017 de 15:00 à 16:00
Session Types Revisited
MDSC / BF

Type : Séminaire
Titre : Session Types Revisited
Intervenant(s) :
Ornela Dardha
Lieu d'exercice : School of Computing Science University of Glasgow
Date et lieu : Jeudi 16 novembre 2017 de 15:00 à 16:00 , salle L101 du bâtiment Lagranges du centre INRIA
Résumé/Abstract:

gSession types are a formalism to model structured communication-based programming. A session type describes communication by specifying the type and direction of data exchanged between two parties. We show that session types are encodable in more primitive and foundational pi-calculus types. Besides providing an expressivity result, the encoding: (i) removes redundancies in the syntax of session types, and (ii) yields standard properties of session types as straightforward corollaries, exploiting the corresponding properties of standard typed pi-calculus. The robustness of the encoding is tested on a few extensions of session types, including subtyping, polymorphism, and higher-order communications. In this talk we present the encoding, some of its applications and recent developments.

Liens utiles :
Dardha's page web

Mercredi 21 juin 2017 (All day)
Journée MDSC
MDSC

Type : Journée de l'équipe
Titre : Journée MDSC
Intervenant(s) :
Elisabetta De Maria, Ingrid Grenet, Enrico Formenti, Julien Provillard, Jean-Charles Regin
Lieu d'exercice : I3S
Date et lieu : Mercredi 21 juin 2017 (All day) , Salle des Actes, Valrose
Résumé/Abstract:

Programme complet de la journée sur la page web.

Liens utiles :
Page de la Journée

Lundi 12 juin 2017 de 10:00 à 11:00
Signaling and Modeling In chronic liver diseases
MDSC / BF

Type : Séminaire
Titre : Signaling and Modeling In chronic liver diseases
Intervenant(s) :
Nathalie Theret
Lieu d'exercice : IRSET, INSERM, Rennes
Date et lieu : Lundi 12 juin 2017 de 10:00 à 11:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

The exchanges between the cells and their microenvironment are essential to the development and tissue homeostasis, they coordinate all cellular activities and are at the heart of physiological processes such as immune response and wound healing. Information is captured to the cell surface, transmitted and interpreted within the cell. Perturbation in the processing of information leads to many diseases including autoimmune diseases, fibrosis and cancer.
In that context, my group is studying the role of extracellular matrix remodeling in liver fibrosis and cancer. This process involves complex signaling processes which are orchestrated by the transforming growth factor TGF-beta. During last ten years, we have developed different integrative and modeling approaches to decipher the complexity of molecular events associated with this process. From static and integrative view to dynamic analyses, from quantitative to qualitative models, I will illustrate how modeling approaches can help to understand complex systems.

Jeudi 1 juin 2017 de 14:00 à 15:00
Constraint Programming for Reliable Software
MDSC / CeV

Type : Séminaire
Titre : Constraint Programming for Reliable Software
Intervenant(s) :
Hiroshi HOSOBE
Lieu d'exercice : Faculty of Computer and Information Sciences, Hosei University
Date et lieu : Jeudi 1 juin 2017 de 14:00 à 15:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

The role of software in information systems is becoming increasingly
important, which further requires the construction of reliable
software. However, it is still difficult to develop software without
faults. We are tackling this problem by using constraint programming.
In this talk, we will discuss three such approaches. First, we will
discuss constraint-based methods of fault localization for imperative
programs. Such methods typically encode imperative programs (in,
e.g., C) into constraint problems, and find plausible locations of
faults by solving the constraint problems. Second, we will discuss
soft constraints. In constraint-based fault localization, a faulty
program results in an over-constrained problem, in which some of the
constraints are handled as "soft" constraints that can be relaxed. We
show that different ways of handling soft constraints can affect
results of fault localization. Finally, we will present our new
project on fault localization for reactive systems. We are extending
constraint-based fault localization to the treatment of reactive
systems with connected components that react to events.

Lundi 15 mai 2017 de 15:00 à 17:00
Operations Research and Data Science in Amadeus - overview of some applications
MDSC

Type : Séminaire
Titre : Operations Research and Data Science in Amadeus - overview of some applications
Intervenant(s) :
Benoit Lardeux
Lieu d'exercice : Operations Research & Data, Amadeus, Sophia Antipolis
Date et lieu : Lundi 15 mai 2017 de 15:00 à 17:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
During this session, we present Amadeus department dedicated to Operations Research and Data Science. We review some business applications, models and solution approaches developed for strategic Amadeus business areas like airport Operations and Revenue Management for airlines.

Jeudi 11 mai 2017 de 11:00 à 12:30
Séminaire de présentation
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Séminaire de présentation
Intervenant(s) :
Kamel Mohamed FARAOUN
Lieu d'exercice : Université de Sidi Bel Abbès, Algérie
Date et lieu : Jeudi 11 mai 2017 de 11:00 à 12:30 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Kamel Mohamed FARAOUN, professeur à l’université de Sidi Bel Abbès, Algérie présentera ses travaux de recherche en vue d’une
collaboration potentielle.
Ceux-ci portent sur les systèmes dynamiques chaotiques et leurs
applications à la cryptographie ainsi que sur certains mécanismes de
sécurité à base de couplages bilinéaires sur des courbes elliptiques.

Jeudi 23 mars 2017 de 11:00 à 12:00
Réseaux de Petri universels de petite taille.
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Réseaux de Petri universels de petite taille.
Intervenant(s) :
Sergiu Ivanov
Lieu d'exercice : Laboratory TIMC-IMAG,Faculty of Medicine of Grenoble.
Date et lieu : Jeudi 23 mars 2017 de 11:00 à 12:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Le problème d'universalité pour une classe de modèles de calcul consiste à trouver un objet, dit universel, qui peut répliquer l'action de n'importe quel autre objet de cette classe, la simulation pouvant éventuellement se faire à un codage près. D'une façon plus formelle, si A_0 est un élément universel dans la classe \C, alors, pour tout autre élément A\in \C, il est vrai que A(x) = f( A_0 ( ) ), où h est la fonction d'encodage de l'entrée, f est la fonction de décodage de la sortie, g est la fonction qui énumère les éléments de \C (par exemple, l'énumération de Gödel), et est une fonction d'appariement, c'est-à-dire une fonction qui associe un nombre unique à toute paire (x,y). Nous nous concentrons sur le problème d'universalité pour les systèmes de réécriture de multiensembles, des systèmes formels qui permettent de représenter les réactions chimiques. Pour des raisons historiques, nous décrivons nos résultats sous la forme des réseaux de Petri avec des arcs inhibiteurs, un modèle équivalent à la réécriture de multiensembles. Nous définissons la taille d'un réseau comme un vecteur comprenant le nombre de places, de transitions, d'arcs inhibiteurs, ainsi que le nombre maximal d'arcs incidents à une transition (le degré maximal de transitions). Nous proposons ensuite des techniques de minimisation de chacun de ces paramètres, tout en mettant en évidence certains compromis.

Mercredi 22 mars 2017 de 11:00 à 12:00
Mots infinis auto-mélangeants
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Mots infinis auto-mélangeants
Intervenant(s) :
Svetlana Puzynina
Lieu d'exercice : researcher at Sobolev Institute of Mathematics and postdoctoral researcher at École Normale Supérieure de Lyon, France
Date et lieu : Mercredi 22 mars 2017 de 11:00 à 12:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Un mot infini x est auto-mélangeant s’il admet les décompositions : $x=prod_{i=1}^infty U_iV_i=prod_{i=1}^infty U_i=prod_{i=1}^infty V_i$, avec U_i,V_i mots finis. Autrement dit, x est une produit de mélange de deux copies de x. Nous montrons que beaucoup de mots importants et bien connus sont auto-mélangeants : cela inclut le mot de Thue-Morse et tous les mots Sturmiens qui ne sont pas de Lyndon. Nous trouvons des conditions nécessaires pour l'auto-mélange en prouvons que certains mots (par exemple, la suite de pliage de papier et les mots de Lyndon) ne sont pas auto-mélangeants. Comme une conséquence de notre caractérisation des mots Sturmiens auto-mélangeants, nous déduisons une preuve courte du théorème de Yasutomi sur la classification des mots Sturmiens purement morphiques. De plus, nous apportons une réponse positive à la question de T. Harju sur des mots auto-mélangeants sans carré et nous étudions l'auto-mélange dans les sous-shifts.

Jeudi 16 mars 2017 de 11:00 à 12:00
Calculer dans un automate cellulaire unidirectionnel réversible : vers l'indécidabilité de la périodicité?
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Calculer dans un automate cellulaire unidirectionnel réversible : vers l'indécidabilité de la périodicité?
Intervenant(s) :
Martin Delacourt
Lieu d'exercice : Université d'Orleans
Date et lieu : Jeudi 16 mars 2017 de 11:00 à 12:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

On s'intéresse au parallèle entre 2 problèmes sur des modèles distincts d'automates. D'une part, les automates de Mealy (transducteurs lettre à lettre complets) qui produisent des semi-groupes engendrés par les transformations sur les mots infinis associées aux états. En 2013, Gillibert a montré que le problème de la finitude de ces semi-groupes était indécidable. En revanche la question est ouverte dans le cas où l'automate de Mealy produit un groupe. D'autre part, les automates cellulaires unidirectionnels pour lesquels la question de la décidabilité de la périodicité est ouverte. On peut montrer l'équivalence de ces problèmes. On fera un pas vers une preuve d'indécidabilité en montrant qu'il est possible de simuler du calcul Turing dans un automate cellulaire unidirectionnel réversible, rendant ainsi des problèmes de prédiction indécidables ainsi que la question de la périodicité partant d'une configuration donnée finie.

Vendredi 10 février 2017 de 09:00 à 11:00
suite du cours introductif sur les chaînes de Markov
MDSC / MS&N

Type : minicours
Titre : suite du cours introductif sur les chaînes de Markov
Intervenant(s) :
Bernardin Cédric
Lieu d'exercice : responsable de l'équipe "Probabilités et Statistiques" au laboratoire de mathématiques de Nice (http://math.unice.fr/laboratoire/equipes-de-recherche/probabilit%C3%A9s-et-statistiques)
Date et lieu : Vendredi 10 février 2017 de 09:00 à 11:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

L'objectif sera cette fois-ci de focaliser sur les systèmes dynamiques et les chaînes de Markov à temps continu.

Introduction to the theory of Markov Chains

In theses lectures I will review the theory of discrete time Markov
Chains. After discussing basic facts of the theory (Markov property,
Strong Markov property, recurrence, transcience, irreducibility ...) I
will discuss the ergodic theorem, the convergence of the MC to its
stationary states (spectral gap, entropy) and the theory of large
deviations for MC. I will also discuss the extension of the theory in
the continuous time setting.
 

Jeudi 9 février 2017 de 14:00 à 15:00
Efficient generation of parallelogram polyominoes
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Efficient generation of parallelogram polyominoes
Intervenant(s) :
Paolo Massazza
Lieu d'exercice : Università degli studi dell'Insubria
Date et lieu : Jeudi 9 février 2017 de 14:00 à 15:00 , Salle 308
Résumé/Abstract:

We consider a bijection between the set of parallelogram polyominoes of size n and a suitable set of pairs of linear partitions. This lets us exploit a simple granular dynamical system in order to design an algorithm which generates all parallelogram polyominoes of size n in constant amortized time.

Mercredi 8 février 2017 de 14:00 à 15:00
Sand piles and Ice piles generation
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Sand piles and Ice piles generation
Intervenant(s) :
Paolo Massazza
Lieu d'exercice : Università degli Studi dell'Insubria
Date et lieu : Mercredi 8 février 2017 de 14:00 à 15:00 , Salle 001
Résumé/Abstract:

We deal with the exhaustive generation of the set of reachable states of particular discrete dynamical systems which model the behaviour of sand piles and ice piles.

Jeudi 5 janvier 2017 14:00
Construction d'un projet I3S/Géoazur autour des signaux sismologiques
COMRED, MDSC, SIS, SPARKS

Type : Séminaire
Titre : Construction d'un projet I3S/Géoazur autour des signaux sismologiques
Intervenant(s) :
Audrey Galve
Lieu d'exercice : Laboratoire Géoazur de Sophia Antipolis
Date et lieu : Jeudi 5 janvier 2017 14:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
Pour étudier les régions sismiquement actives, nous déployons des sismomètres à terre mais également sur le fond des océans. Les données que nous obtenons sont devenues de plus en plus nombreuses par une augmentation à la fois du nombre d'instruments déployés lors d'une campagne et de sa durée qui peut aller aujourd’hui de 6 mois à 4 ans d'enregistrement en continu. La détection et l'extraction automatique des signaux sismologiques deviennent donc maintenant vitales pour notre communauté qui utilise encore des techniques de base peu performantes et qui ne permettent pas d'aborder tout le champ des signaux existants. Pour le moment, nous détectons en automatique seulement des séismes dont l'amplitude dépasse un seuil par rapport au bruit de fond. Des techniques ont récemment été développées, telles que celle en ondelettes pour discriminer des événements spécifiques lorsque l’espace de stockage ne permet pas de conserver tout l’enregistrement en continu, celle s’appuyant sur une fonction statistique de type kurtosis pour réaliser automatiquement la détermination des temps d’arrivées des ondes en chaque station. Mais d’autres signaux liés à l'activité terrestre, à celles des mammifères marins et aux événements météorologiques sont enregistrés et nous aimerions pouvoir les extraire de manière systématique au retour des instruments pour alimenter des bases de données qui seraient ouvertes à la communauté scientifique.

Nous souhaiterions développer un projet entre Géoazur et I3S pour créer un programme qui permettra de détecter, extraire et ranger dans une librairie tous ces signaux. Au cours de ce séminaire, je vous présenterai les différents types de signaux que nous utilisons et ce que nous en faisons, les autres signaux qui sont enregistrés par les stations en mer, pour ensuite développer ce que nous souhaiterions faire grâce à vos compétences.

Jeudi 7 juillet 2016 de 14:30 à 15:30
Multiparty Session Types Within a Canonical Binary Theory, and Beyond
MDSC / BF

Type : Séminaire
Titre : Multiparty Session Types Within a Canonical Binary Theory, and Beyond
Intervenant(s) :
Jorge A. Pérez
Lieu d'exercice : University of Groningen (NL)
Date et lieu : Jeudi 7 juillet 2016 de 14:30 à 15:30 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

A widespread approach to software service analysis uses session types.
Very different type theories for binary and multiparty protocols have
been developed; establishing precise connections between them remains
an open problem.

In this talk, I will present the first formal relation between two
existing theories of binary and multiparty session types: a binary
system rooted in linear logic, and a multiparty system based on
automata theory.

Our results enable the analysis of multiparty protocols using a (much
simpler) type theory for binary protocols, ensuring protocol fidelity
and deadlock-freedom.

Mercredi 6 juillet 2016 de 14:00 à 18:00
Workshop Réels, Flottants & Vérification
MDSC / CeV

Type : Workshop
Titre : Workshop Réels, Flottants & Vérification
Intervenant(s) :
Luc Jaulin, Jean-Michel Muller, Eric Goubault and Sylvie Putot, Andreas Podelski
Lieu d'exercice : I3S
Date et lieu : Mercredi 6 juillet 2016 de 14:00 à 18:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Dans le cadre de l'ANR COVERIF, nous vous convions à un Workshop autour de la vérification de programmes avec des calculs sur les flottants organisés par le projet CeV de l'équipe MDSC de l'I3S. La vérification de ces programmes soulève des problèmes qui relèvent tant des réels que des flottants. Les problématiques des flottants, des réels, des techniques de vérification et de leurs interactions seront présentées par quatre orateurs reconnus pour la qualité de leurs contributions dans ces thèmes.

Liens utiles :
Web Page du workshop

Jeudi 12 mai 2016 de 14:00 à 15:00
Morse-Conley-Forman theory for sampled dynamics
MDSC / BF , / MS&N

Type : Séminaire
Titre : Morse-Conley-Forman theory for sampled dynamics
Intervenant(s) :
Marian Mrozek
Lieu d'exercice : Kraków, Poland
Date et lieu : Jeudi 12 mai 2016 de 14:00 à 15:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Conley theory studies qualitative features of dynamical systems by means of topological invariants of isolated invariant sets. Since the invariants are stable under perturbations and computable from a finite sample, they provide a tool for rigorous, qualitative numerical analysis of dynamical systems.

In this talk, after a brief introduction to Conley theory, I will present its recent extension to combinatorial multivector fields, a generalization of the concept introduced by R. Forman in his discrete (combinatorial) Morse theory. I will also show some numerical examples indicating potential applications in the study of sampled dynamical systems.

Jeudi 24 mars 2016 de 14:00 à 16:00
Complexity of Model Checking for Reaction Systems
MDSC

Type : Séminaire
Titre : Complexity of Model Checking for Reaction Systems
Intervenant(s) :
Sergiu Ivanov
Lieu d'exercice : LACL, Université Paris Est Créteil.
Date et lieu : Jeudi 24 mars 2016 de 14:00 à 16:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

Reaction systems are a new mathematical formalism inspired by the living cell and driven by only two basic mechanisms: facilitation and inhibition. As a modeling framework, they differ from the traditional approaches based on ODEs and CTMCs in two fundamental aspects: their qualitative character and the non-permanency of resources. In this article we introduce to reaction systems several notions of central interest in biomodeling: mass conservation, invariants, steady states, stationary processes, elementary fluxes, and periodicity.  We prove that the decision problems related to these properties span a number of complexity classes from P to NP- and coNP-complete to PSPACE-complete.

Jeudi 4 février 2016 de 10:30 à 11:30
Computer science techniques in graph theory
MDSC

Type : Séminaire
Titre : Computer science techniques in graph theory
Intervenant(s) :
Infusino Federico Giovanni
Lieu d'exercice : Dipartimento di Matematica e Informatica, l’Università della Calabria (Italia)
Date et lieu : Jeudi 4 février 2016 de 10:30 à 11:30 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

In this seminar, we use the paradigm of Granular Computing (briefly GrC) in some mathematical contexts as linear algebra, matroid theory, graph and hypergraph theory. By doing this, we want to create a new link between discrete mathematics and computer science. The aim of this investigation is twofold: to find new properties of the mathematical objects at issue and, on the other hand, to improve the techniques of GrC. To this regard, we can interpret a graph as an information system and we can translate the indiscernibility relation in terms of Erdos-Renyi symmetry. A complete study of an information system can be achieved by the Granular Partition Lattice, thanks to which we can understand how indiscernibility varies depending on the avalaible knowledge. Hence, we can study information systems by means of linear algebra and lattice theory. Moreover, we also associate an entropy function measuring the uniformity of the distribution of the objects in the blocks of all indiscernibility partitions. This function allows us to develop a temporal perspective of the dynamical evolution of graphs.

Mardi 17 novembre 2015 de 14:00 à 18:00
The computational complexity theory of membrane systems & Reaction systems and their dynamics
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : The computational complexity theory of membrane systems & Reaction systems and their dynamics
Intervenant(s) :
Antonio E. Porreca, Luca Manzoni
Lieu d'exercice : Università degli Studi di Milano-Bicocca, Italie
Date et lieu : Mardi 17 novembre 2015 de 14:00 à 18:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
The computational complexity theory of membrane systems
 
Membrane computing is a branch of natural computing taking inspiration from the internal structure and functioning of biological cells. Its computing models, called membrane systems or P systems, consist of a hierarchy of embedded membranes, separating the space into regions; inside each region, biochemical reactions occur, and bidirectional exchange of molecules allows communication between regions.
The first part of this talk consists of a tutorial on the main aspects of membrane computing and their computational complexity. General P systems are easily proved to be equivalent to Turing machine from the computability point of view. By adding another biologically inspired feature, membrane division (as in the process of mitosis), P system also become interesting from a complexity theory point of view. The ability to create exponentially many membranes in polynomial time by membrane division allows polynomial-time solutions to NP-complete and even PSPACE-complete problems.

A survey of recent results will then be presented; these show how the depth of membrane nesting affects the efficiency of P systems. In particular, a nesting depth bounded by a constant surprisingly decreases the computing power of P systems working in polynomial time from PSPACE to a complexity class linked to the Counting Hierarchy, which is defined in terms of Turing machines with oracles for counting problems.

 

Reaction systems and their dynamics
 
Reaction Systems are a bio-inspired model introduced by Rozenberg and Ehrenfeucht about ten years ago. They are inspired by the biochemical processes taking place inside cells and they provide both a modelling tool useful for biologist and an interesting theoretical model. The “building block” of reaction systems are the reactions, that are described with a set of reactants (necessary for the reaction to take place), a set of inhibitors (substances that can block the reaction), and a set of products (the results of the reaction). Set of substances are evolved according by means of a set of reactions, which provide a dynamical system.

The talk will introduce the audience to Reaction Systems and the study of the complexity of determining different dynamical behaviours given a Reaction System. In particular, we will show that finding fixed points, fixed point attractors, and the bijectivity of the next-state function are either NP or CoNP-complete problems. Reachability and related problems like the existence of global attractors are, on the other hand, PSPACE-complete. We will show how the complexity can decrease when we consider restricted classes of reactions (either by limiting the number of available reactants or inhibitors) and how, for some restricted systems, a variant of the reachability problem is NP-complete. To conclude the talk we will move to search problems rather than decision problems. We will show the complexity of actually providing examples of fixed points, gardens of Eden, and other states that are interesting from a dynamical point of view.

Mardi 10 novembre 2015 10:30
Entropie dans les graphes
MDSC / BF

Type : Séminaire
Titre : Entropie dans les graphes
Intervenant(s) :
Maximilien Gadouleau
Lieu d'exercice : Université de Durham, Angleterre
Date et lieu : Mardi 10 novembre 2015 10:30 , Salle Lagrange gris de l'INRIA
Résumé/Abstract:

De nombreux phénomènes, tels que le codage de réseau, les réseaux de neurones, les réseaux de gènes etc. peuvent être modélisés par des systèmes dynamiques finis. L'étude, et en particulier la maximisation, du nombre de points fixes des systèmes dynamiques finis est un problème très important pour ces applications. L'entropie d'un graphe a été introduite pour obtenir des bornes supérieures sur le nombre de points fixes, qui peuvent être exprimées comme de solutions optimales de programmes linéaires. Cet exposé est une invitation à la recherche dans ce domaine : après une description de l'entropie des graphes, nous illustrerons le potentiel de cet approche par des exemples et nous suggérerons des pistes pour la développer.

Lundi 9 novembre 2015 de 14:00 à 15:00
A Logical Framework for Systems Biology
MDSC / MS&N

Type : Séminaire
Titre : A Logical Framework for Systems Biology
Intervenant(s) :
De Maria Elisabetta
Lieu d'exercice : I3S, Sophia Antipolis, France
Date et lieu : Lundi 9 novembre 2015 de 14:00 à 15:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

We propose a novel approach for the formal verification of biological systems based on the use of a modal linear logic. We show how such a logic can be used, with worlds as instants of time, as an unified framework to encode both biological systems and temporal properties of their dynamic behaviour. To illustrate our methodology, we consider a model of the P53/Mdm2 DNA-damage repair mechanism. We prove several properties that are important for such a model to satisfy and serve to illustrate the promise of our approach. We formalize the proofs of these properties in the Coq Proof Assistant, with the help of a Lambda Prolog prover for partial automation of the proofs.

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Mardi 3 novembre 2015 10:30
Ranks of finite semigroups of one-dimensional cellular automata
MDSC / BF

Type : Séminaire
Titre : Ranks of finite semigroups of one-dimensional cellular automata
Intervenant(s) :
Alonso Castillo-Ramirez
Lieu d'exercice : Université de Durham, Angleterre
Date et lieu : Mardi 3 novembre 2015 10:30 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
Since first introduced by John von Neumann, the notion of cellular automaton has grown into a key concept in computer science, physics and theoretical biology. In its classical setting, a cellular automaton is a transformation of the set of all configurations of a regular grid such that the image of any particular cell of the grid is determined by a fixed local function that only depends on a fixed finite neighbourhood. In recent years, with the introduction of a generalised definition in terms of transformations of the form τ:A^G→A^G (where G is any group and A is any set), the theory of cellular automata has been greatly enriched by its connections with group theory and topology. In this paper, we begin the finite semigroup theoretic study of cellular automata by investigating the rank (i.e. the cardinality of a smallest generating set) of the semigroup CA(ℤn;A) consisting of all cellular automata over the cyclic group ℤn and a finite set A. In particular, we determine this rank when n is equal to p, 2k or 2kp, for any odd prime p and k≥1, and we give upper and lower bounds for the general case.
Annexe:

Mardi 6 octobre 2015 10:00
Un algorithme de décision pour décider de la surjectivité sur les configurations finies des automates cellulaires en dimension 1 (AC 1D).
MDSC / MC3

Type : Séminaire
Titre : Un algorithme de décision pour décider de la surjectivité sur les configurations finies des automates cellulaires en dimension 1 (AC 1D).
Intervenant(s) :
Sébastien Autran
Lieu d'exercice : Laboratoire I3S, Sophia Antipolis
Date et lieu : Mardi 6 octobre 2015 10:00 , Salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
De nombreuses propriétés sur les automates cellulaires ont été étudiées ces dernières décennies. Cependant, la surjectivité sur les configurations finies était connue décidable, sans qu'aucun algorithme n'ait été proposé. Nous complétons ici le diagramme d'implication des propriétés des AC 1D en proposant un algorithme de faible complexité permettant de répondre à la problématique.
Annexe:

Lundi 28 septembre 2015 14:30
Modélisation qualitative et analyse de la dynamique des réseaux de régulation biologique à l'aide de réseaux d'automates asynchrones (Qualitative modeling and dynamical analysis of Biological Regulatory Networks using Asynchronous Automata Networks)
MDSC / BF

Type : séminaire
Titre : Modélisation qualitative et analyse de la dynamique des réseaux de régulation biologique à l'aide de réseaux d'automates asynchrones (Qualitative modeling and dynamical analysis of Biological Regulatory Networks using Asynchronous Automata Networks)
Intervenant(s) :
Maxime Folschette
Lieu d'exercice : ATER au Laboratoire I3S
Date et lieu : Lundi 28 septembre 2015 14:30 , salle de réunion du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:

La modélisation qualitative des réseaux de régulation biologique a connu ses début grâce aux travaux de Kauffman (1969) puis de Thomas (1973) qui ont posé les bases de la modélisation discrète sous forme de graphes. Ceux-ci permettent de grandement réduire la complexité de l'analyse des comportements du système modélisé par rapport aux modèles traditionnels basés sur des équations différentielles. Cependant, la taille de ces réseaux, construits sur la base d'observations expérimentales, a aussi explosé, ce qui a posé à nouveau la question de leur analyse dynamique. Durant ce séminaire, je présenterai le modèle de Thomas, très répandu au sein de la communauté, et je montrerai comment des travaux successifs ont permis d'étendre l'expressivité, mais aussi les capacités d'analyse, de ce type de modèles. Je détaillerai ainsi mes travaux portant sur l'analyse de la dynamique par interprétation abstraite, qui permet d'obtenir des résultats d'atteignabilité sur de grands modèles en très peu de temps. Je présenterai aussi mes travaux consistant à utiliser le µ-calcul polyadique pour effectuer de la recherche de propriétés dynamiques plus complexes sur ces mêmes modèles.

Vendredi 24 avril 2015 14:00
Tests statistiques : ce que ça veut dire (informellement) et comment s'en servir en neurosciences
MDSC

Type : 4eme minicours de l'axe MTC-NSC
Titre : Tests statistiques : ce que ça veut dire (informellement) et comment s'en servir en neurosciences
Intervenant(s) :
Patricia Reynaud-Bouret
Lieu d'exercice : Laboratoire Dieudonné, Nice http://math.unice.fr/~reynaudb/
Date et lieu : Vendredi 24 avril 2015 14:00 , salle de conférence du laboratoire I3S à Sophia Antipolis
Résumé/Abstract:
En neurosciences (et dans beaucoup d'autres domaines), les scientifiques se posent des questions fondamentales auxquelles on ne peut répondre que par oui ou non. Par exemple, le sujet fait-il deux fois la même chose ? les différents neurones qu'on peut enregistrer au cours de cette tàche se comportent-ils de manière indépendantes ou pas ?

Pour y répondre, ils réalisent une expérience dont le résultat est aléatoire. L'aléa peut être grand ou petit. Si il est trop grand, personne ne saura conclure. Si il est très faible, on pourra voir le résultat à l'oeil nu. Si il est modéré, il faut alors une procédure statistique bien définie : le test. Mais le statisticien effectuant un test ne peut répondre simplement oui ou non : il faut qu'il quantifie simultanément l'erreur commise dû à l'aléa. Certains de ces tests sont très populaires : test du chi-deux, test du student, test d'adéquation (plus connu sous son nom anglais de "goodness-of-fit").

De manière générale, que veut dire exactement un test statistique ? Comment quantifie-t-il l'erreur sur sa réponse ? Ce n'est qu'en comprenant ces enjeux que l'on peut éviter les pièges classiques lorsqu'on réalise par exemple plusieurs tests simultanément (tests multiples).

Tout cela sera illustré sur des situations concrètes provenant de l'analyse des séries de potentiels d'action (trains de spikes) : test d'égalité des taux de décharge, test d'indépendance des trains de spikes, tests d'adéquation à un modèle.

Tous les renseignements et les videos des minicours passent (dont celui de W. Stannat) sur http://mtc-nsc.unice.fr