TITRE : Description de quelques problèmes informatiques apportés par la biologie moléculaire RESUME : « Quel est l'objet de recherche de la bioinformatique ? » Un biologiste, même s'il a l'esprit ouvert, répondra sans hésitation « la biologie ». Avec l'investissement grandissant de la communauté de recherche en informatique dans ce domaine, une deuxième branche de la bioinformatique s'affirme de plus en plus avec pour objet l'informatique, ses théories et ses méthodes. Mes voisins biophysiciens ou biochimistes de genopole-Évry (qui usent des semaines de cpu à calculer des repliements de protéines ou des formations d'hyperstructures moléculaires avec des logiciels ad hoc) ont aussi une réponse à cette question mais ce n'est pas vraiment celle qui nous convient. La biologie moléculaire (qui n'est qu'une petite partie de la biologie, mais qui a le vent en poupe) comme domaine spécifique d'application de nos travaux (et comme prétexte à en développer de nouveaux), voilà l'angle d'attaque de la bioinformatique qui permet aux chercheurs en informatique d'avancer sans trahir notre objet de recherche. Vous savez que les Bases de Données jouent un rôle important en bioinformatique et vous souhaitez vous y mettre mais vous ne savez pas comment aborder le sujet ? moi non plus ! (d'autant que je ne suis pas spécialiste des BD) mais cet exposé tentera de vulgariser les éléments utiles de biologie moléculaire et de dresser un panorama des problèmes informatiques liés à ce domaine. BIOGRAPHIE : Gilles Bernot est professeur à l'université d'Évry, directeur du Laboratoire de Méthodes Informatique (LaMI) à Évry-genopole et responsable de l'équipe de bioinformatique. De 1992 à 1999, avant sa conversion thématique vers la bioinformatique, il a été responsable fondateur de l'équipe de Spécifications formelles et transformations de programmes du LaMI. Après un troisième cycle en géométrie algébrique puis une thèse d'informatique en spécifications algébriques à l'université d'Orsay en 1986, il a été maître de conférences en informatique à l'ENS Ulm de 1987 à 1992. Ses travaux ont principalement porté sur le développement de langages de spécification formelle dédiés et leurs sémantiques logiques sous-jacentes (traitement d'exceptions, raffinement de spécifications formelles, structuration des spécifications, observabilité, ...), ainsi que leurs applications au génie logiciel (génération automatique de tests de logiciels, testabilité, applications aux domaines nucléaires, transports, télécommunications, ...). Dans le cadre de la bioinformatique, ses travaux portent maintenant sur l'assemblage et l'annotation de séquences d'ADN, sur la conception d'outils et méthodes informatiques pour l'exploitation des biopuces (étude du transcriptome) et sur la modélisation et simulation de processus biologiques moléculaires.