TITRE :
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Expérimentation en biologie et test de logiciel : même combat

AUTEUR :
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Gilles Bernot

RESUME :
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En s'appuyant sur les théories et méthodes formelles développées en
informatique, on souhaite instrumenter le lien entre modélisation et
expérimentation en biologie. Les méthodes formelles permettent déjà d'assister
par ordinateur la construction de modèles mathématiques, par exemple des
réseaux de régulation biologiques. Elles permettront également de faire
rigoureusement le lien entre modélisation et expérimentation en biologie. Il
existe en effet des outils de génération automatique de tests qui prennent en
entrée une spécification formelle de ce qu'est supposé faire un logiciel donné
et fournissent en sortie des tests pour vérifier l'adéquation de ce logiciel
avec ses spécifications. On expose ici comment les théories du test de
logiciels qui sous-tendent ces outils peuvent être appliquées pour suggérer
des plans d'expériences « humides » à partir de modèles mathématiques pour la
biologie.

PLAN :
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- Modèles vs. Formules (comportement dynamique)
- Les 2 questions
- Survol de la première question via Model Checking
- Traitement de la deuxième question sur P.aeruginosa
  (avec le lemme « x=2 ==> AX(AF(z=1)) » )
- Théorie générale avec opérabilité+observables --> formules expérimentables
- Lien avec le test structurel ?  structure des modèles ?