TITRE :

Sur les apports de la logique formelle pour la modélisation des systèmes
biologiques


RÉSUMÉ :

L'informatique donne un sens particulier au mot "formel", qui se situe entre
"plus rigoureux que rigoureux" et "reductible à des manipulations mécaniques
sur la syntaxe". Cette vision permet d'assister par ordinateur des
raisonnements logiques pas nécessairement difficiles mais fastidieux,
combinatoires et donc sujets à des erreurs.

Cet exposé, fondé sur une pratique empirique de la modélisation en biologie, a
pour but de montrer comment la logique formelle conduit à une méthode
originale de modélisation des systèmes complexes en biologie. L'ordinateur y
est utilisé comme un assistant pour raisonner sur le système à modéliser
plutôt que comme un outil de force brute pour effectuer des simulations.
Il peut même assister le fameux "retour paillasse" qui motive en partie
la modélisation en biologie.

Suivant cette approche, les propriétés logiques que doit satisfaire un "bon"
modèle sont au moins aussi importantes que la structure du modèle ou les
équations qui régissent sa dynamique. Pire : après tout qu'importe de
connaître précisément la structure et les équations si l'on peut caractériser
l'ensemble des modèles qui satisfont les propriétés pertinentes ?