Titre :
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Description de quelques problèmes informatiques apportés par la biologie
moléculaire

Résumé :
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Après une présentation rapide des laboratoires de recherche en bioinformatique
à genopole-Évry, on détaillera quelques « sujets chauds » autour du traitement
des séquences, du transcriptome, du protéome, de la modélisation et de la
simulation en biologie moléculaire. D'un point de vue informatique, ces
différents sujets font principalement appel à l'algorithmique, les bases de
données et la fouille de données, le traitement d'images, la modélisation
discrète ou continue.

Dans le cadre du traitement de séquences, on présentera quelques techniques
d'assemblage de séquences d'ADN, un algorithme de prédiction de structures
secondaires de l'ARN, et quelques autres sujets comme l'annotation par
exemple. Dans le cadre du transcriptome, nous verrons les différentes phases
classiques de traitement des données pour les puces à ADN. Enfin l'ampleur et
la complexité des données accumulées dans le cadre de la génomique conduit
rapidement à la nécessité de « modéliser pour comprendre », qu'il s'agisse des
voies métaboliques, de la formation des hyperstructures, des interactions
entre gènes, de la croissance des plantes, etc. La science informatique est
alors incontournable. On survolera quelques techniques de modélisation et des
perspectives d'avenir qui promettent encore de nombreuses années de recherche
en bioinformatique...