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CNRS INSII
Polytech'Nice - Sophia Antipolis
Université de Nice - Sophia Antipolis


Ecole Doctorale STIC
Epigenomics Project
Genopole(R)         

Gilles Bernot


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Gilles Bernot

Teaching


SOME INVITED COURSES

G. Bernot, Logical Approaches .  A 2 hours workshop in the Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Sophia Antipolis, Evry, Nice, Strasbourg, etc , 2011, 2012, 2013, 2014, 2015. [exercises]

G. Bernot, Property Driven Models of Gene Networks .  Franco-Egyptian Workshop toward french/egyptian PhD co-supervisions, On the New Technologies of the Information & Communication, Cairo, Egypt, sept. 29-30 , 2014. [slides]

G. Bernot, Méthode "logique" multivaluée de René Thomas et logique temporelle .  Cours, École thématique Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, Porquerolles, 24-28 juin , 2013. [slides]

G. Bernot, Réseaux génétiques de Thomas multivalués et logique temporelle .  Cours, Ecole thématique Modélisation formelle de réseaux de régulation biologique, Porquerolles, 6-11 juin , 2010. [link]

G. Bernot, Formal approaches to model gene regulatory networks .  Invited course, 11th Bologna Winter School, Computational Methods for System Biology, Bologna, Italy, February 8-12 , 2010. [abstract]

G. Bernot, A Discrete Approach to Model Biological Gene Regulatory Networks and the Use of Temporal Logic to Propose Wet Experiments .  Invited course, Intl Bologna Master in Bioinformatics, February 26th , 2009.
Also: Exposé invité, Ecole Doctorale de Dijon, INRA Dijon, 7 octobre 2008 , [abstract]

G. Bernot, Formal approaches to model gene regulatory networks .  Invited course, International Bioinformatics Software School (IBSS'2008), Tangier, Morocco, November 3-8 , 2008. [abstract]

A. Richard, J.-P. Comet, G. Bernot, R. Thomas' logical method .  Invited at Tutorials on modelling methods and tools: Modelling a genetic switch and Metabolic Networks, Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Lille, 20 pages, April 7th-11th , 2008. [preliminary version]

G. Bernot, Une approche discrète pour modéliser les réseaux génétiques en biologie et l'usage de la logique temporelle pour proposer des expériences à la paillasse .  Exposé invité au master BIBS, janvier , 2008. [abstract]

G. Bernot, Quelques questions informatiques apportées par la génomique .  Exposé invité au Master IMA, Paris 8, octobre , 2006. [slides]

G. Bernot, Biological Regulatory Networks: Logical Description and Model Checking .  Intl high level courses, From functional genomics to molecular network and back, Genopole®-Evry, May 30 - June 3 , 2005. [slides]

G. Bernot, Applications des méthodes formelles aux réseaux de régulation biologique .  Cours invité à l'école thématique Introduction avancée à la Modélisation pour la Biologie (IAMB), M. Morvan et J. Durand-Lose, ENS Lyon, 3 au 7 mai , 2004. [slides]

G. Bernot, Quelques questions informatiques apportées par la génomique .  Cours invité au DESS CCI de Rennes, février , 2004. [slides]

V. Norris, P. Amar, P. Ballet, G. Bernot, F. Delaplace, M. Demarty, J-L. Giavitto, C. Ripoll, M. Thellier, A. Zemirline, Hyperstructures .  Book Chapter, Part High Level Courses, spring school on Modelling and Simulation of Biological Processes in the Context of Genomics, March 18th to 21st 2002, Autrans, France. Amar, Képès, Norris, Tracqui Ed., High Level Courses, p.169-192 , 2002. [preliminary version]

P. Ballet, A. Zemirline, L. Marcé, G. Bernot, F. Delaplace, J-L. Giavitto, O. Michel, J-M. Delosme, P. Amar, R. Insitti, P. Bourgine, C. Godin, F. Képès, P. Tracqui, V. Norris, J. Guespin, M. Demarty, C. Ripoll, Cellular automata, Reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modeling .  Book Chapter, Part High Level Courses, spring school on Modelling and Simulation of Biological Processes in the Context of Genomics, March 18th to 21st 2002, Autrans, France. Amar, Képès, Norris, Tracqui Ed., High Level Courses, p.257-280 , 2002. [preliminary version]

A. Zemirline, P. Ballet, L. Marcé, G. Bernot, F. Delaplace, J-L. Giavitto, O. Michel, J-M. Delosme, P. Amar, R. Insitti, P. Bourgine, C. Godin, F. Képès, P. Tracqui, V. Norris, J. Guespin, M. Demarty, C. Ripoll, Neural networks .  Book Chapter, Part High Level Courses, spring school on Modelling and Simulation of Biological Processes in the Context of Genomics, March 18th to 21st 2002, Autrans, France. Amar, Képès, Norris, Tracqui Ed., High Level Courses, p.281-294 , 2002. [preliminary version]

G. Bernot, Description de quelques problèmes informatiques apportés par la biologie moléculaire .  Cours invité, DESS Informatique et Applications aux Sciences de la Vie (IASV), Paris 5, mars , 2002. [abstract]


SOME OTHER LECTURE NOTES, BOOKS and BOOK CHAPTERS

G. Bernot, Introduction à l'Administration Systèmes et Réseaux .  Cours de dernière année, Polytech Nice-Sophia Antipolis option BIMB et Master Bio-Info-Math (BIM) , 2010 à 2015. [poly]

G. Bernot, Introduction au système Linux .  Cours de L3, Bio-Info-Math (BIM) , 2011 à 2015. [poly]

G. Bernot, Initiation à la programmation impérative avec Python .  Cours de programmation 1, Polytech Nice-Sophia Antipolis, département de Génie Biologique , 2009 à 2015. [poly]

G. Bernot, J-P. Comet, J. Guespin, Élucider le fonctionnement d'un réseau de régulation biologique par l'informatique .  Mensuel de vulgarisation Biofutur, numéro spécial sur la biologie intégrative, coordinateur F. Rechenmann, Num.275, p.22-25, mars , 2007. [preliminary version]

G. Bernot, Cours d'informatique, deuxième semestre de L (L1) pour les parcours Informatique, Mathématiques, Physique et Chimie .  Cours de programmation fonctionnelle d'ordre supérieur en ML (15 pages) , 1992 à 1997 et 2005 à 2007. [poly]

G. Bernot, TD d'informatique, deuxième semestre de L (L1) pour les parcours Informatique, Mathématiques, Physique et Chimie .  TD de programmation fonctionnelle d'ordre supérieur en ML (13 pages) , 1992 à 1997 et 2005 à 2007. [poly]

G. Bernot, Cours d'informatique, premier semestre de L (L1) pour les parcours Informatique, Mathématiques, Physique et Chimie, et pour le parcours Sciences de la Vie .  Cours de programmation fonctionnelle en ML (44 pages) , 1992 à 2007. [poly]

G. Bernot, TD d'informatique, premier semestre de L (L1) pour les parcours Informatique, Mathématiques, Physique et Chimie .  TD de programmation fonctionnelle en ML (16 pages) , 1992 à 2007. [poly]

G. Bernot, TD d'informatique de L1 pour le parcours Sciences de la Vie .  TD de programmation fonctionnelle en ML (14 pages) , 1996 à 1998 et 2004-2005. [poly]

G. Bernot, Cours d'informatique, troisième semestre de L (L2) pour le parcours Sciences de la Vie .  Notes de cours de traitement de séquences génomiques et les arbres en ML (21 pages) , 2004 à 2006. [poly]

G. Bernot, TD d'informatique, troisième semestre de L (L2) pour le parcours Sciences de la Vie .  TDs de traitement de séquences génomiques et les arbres en ML (9 pages) , 2004 à 2006. [poly]

M. Aiguier, G. Bernot, Fondements logiques pour les méthodes formelles .  Polycopié de cours de tronc commun du DEA d'informatique d'Évry (54 pages) , 1996 à 2001. [poly]

M-C. Gaudel, B. Marre, F. Schlienger, G. Bernot, Précis de génie logiciel .  Masson éditeur, Paris, collection Enseignement de l'Informatique, préface de Michel Lemoine, ISBN 2-225-85189-1, 142 pages , 1996.

G. Bernot, Introduction aux types abstraits algébriques, définitions et résultats .  Notes de cours de DEA, janvier 1990, Orsay et Ecole Normale Supérieure, Paris, 37 pages , 1986 à 1992.
Also: Notes de cours de DEA, Evry , 1993 à 1998.
Also: Notes de cours de L'École Jeunes Chercheurs du PRC-GDR de Programmation , 1991 à 1996. [poly]

G. Bernot, Mémo ...random .  Mémo de TD, ENS Ulm , 1989. [poly]

G. Bernot, Quelques méthodes de tri parmi tant d'autres .  Mémo de TD, ENS Ulm , 1987. [poly]


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