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Projets en cours

HyClock : Hybrid Formal Modelling of Time for Circadian Clock Biology and Chronopharmacology
type: ANR
partenaires: iBV, RBC, I3S, IRCCyN, INRIA.
durée: 2014-2018
L'objectif du projet HyClock est (i) d'offrir la preuve de principe que la modélisation hybride surpasse les méthodes formelles classiques pour l'étude des propriétés de l'horloge circadienne et (ii) d'appliquer cette approche afin de mieux comprendre les connexions entre l'horloge circadienne, le cycle cellulaire de cellules cancéreuses et leur impact sur la chronopharmacologie du cancer et sur la chronothérapie.

Le projet HyClock rassemble une équipe multidisciplinaire d'experts en informatique, modélisation mathématique, chronobiologie et chronopharmacologie afin de pouvoir développer de nouvelles méthodes formelles et des cadres de modélisation hybride. Le but est de les appliquer à l'analyse et la compréhension de l'horloge circadienne chez les mammifères. Notre objectif est de réaliser un nombre suffisant d'abstractions afin d'être en mesure d'identifier de manière exhaustive les valeurs de paramètres possibles, en utilisant un raisonnement assisté par ordinateur. Les différentes abstractions ne doivent pas altérer la qualité qualité du modèle, du moins en se qui concerne les capacités prédictives souhaitées. Cette nouvelle stratégie de modélisation sera d'abord utilisé pour prédire et analyser comment leecouplage horloge circadienne / cycle cellulaire répond à la synchronisation physiologique dans les cellules saines, avec des conséquences sur la prolifération. Deuxièmement, nous étudierons, en se servant des modèles hybrides pour concevoir les expériences à faire, comment renforcer la coordination de l'horloge circadienne, afin d'améliorer la tolérance aux traitements par anticancéreux.

Anciens projets

BioTempo : Langages, concepts de temps et modèles hybrides pour l’analyse de modèles incomplets en biologie moléculaire
type: ANR
durée: 2011-2014
Ce projet part de la constatation que les cadres de modélisation actuels pour la biologie sont relativement pauvres du point de vue de la prise en compte du temps. Le but est donc de combiner et compléter les 3 approches actuelles (modèles statiques, modèles chronologiques et modèles chronométriques) pour proposer un cadre plus large pour l'interprétation des données biologiques.
CIRCLOCK : Modélisation de l'horloge circadienne
type: PEPII
partenaires: iBV, IRCCyN, I3S.
durée: 2011-2013
Le but est la modélisation de l’horloge circadienne chez l’homme en prennent en compte des informations temporelles. L’idée initiale repose sur la constatation que les informations temporelles sont sous exploitées car il n’existe pas encore de cadre de modélisation pouvant les exploiter correctement.