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B F Bioinfo Formelle

Logiciels

Le projet "bioinfo formelle" a développé plusieurs outils d'aide à la modélisation de réseaux de régulation génétique :
HyMBioNet: Hybrid Modeling for Biological Network
  • HyMBioNet est un simulateur de trace de modèles hybrides de réseaux génétique.
  • Voir le chapitre de livre Hybrid Gene Networks: a new Framework and a Software Environment (2016).
HHLforBioNet: Hybrid Hoare Logic for Biological Networks
  • HHLforBioNet permet la construction de contraintes sur les paramètres d'un modèle hybride de réseaux génétique à partir d'une trace discrète chronométrée. Cet outils utilise des techniques basées sur la logique de Hoare pour construire des contraintes qui mène à un modèle présentant la trace spécifiée.
  • Voir l'article A hybrid Hoare logic for gene network models (ArXiv, 2016).
SMBioNet: Selection of Models of Biological Networks
  • aide à la modélisation de réseaux génétiques dans le cadre de la théorie discrète de R. Thomas. Cet outils permet de sélectionner les modèles qui satisfont une spécification exprimé en CTL.