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Webpage on the research activity Formal BioinfoDocumentary about a World That changes: Etudiants: un avenir à crédit (ARTE)
Our current work on hybrid modeling of gene networks
- Construction of constraints for hybrid gene regulatory networks: ocaml implementation
- Internship report of D. Boyenval (in French, June 2017): pdf
- Simulator of hybrid gene regulatory networks (in Python, June 2017): zip
Scientific animation
- 5ème École thématique de Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, juin 2023
- Modelife' mini-workshop Qualitative Modelling: from data to customization, 12th november 2019
- 4ème École thématique de Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, juin 2019
- 3ème École thématique de Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, juin 2016
- Workshop sur la Théorie des réseaux booléens et ses applications en biologie, novembre 2014
- 2ème École thématique de Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, juin 2013
- 1ère École thématique de Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, juin 2010
Webmail
Bioinformatics / PhDs / Jobs
- some videos (in French):
- Jonathan: chercheur en bio-informatique, 2020
- Les métiers de la bio-informatique, 2021
- Visez une carrière en bio-informatique! - Geneviève Boucher , vidéo en français, Canada, 2016.
- Bioinformatique en oncologie, 2018
- Bioinformatique - modélisation moléculaire en oncologie, 2018
- Bioinformaticien pour la mission Tara Pacific, vidéo en français, 2019.
- Visez une carrière en bio-informatique! - Pascal St-Onge , vidéo en français, Canada, 2016.
- Une fiche sur le
Bioinformaticien.ne : un métier toujours d'avenirmétier de bio-informaticien(ne),
2020.
- Top N reasons to do a Ph.D. or Post-Doc in Bioinformatics/Computational Biology (in english), 2012.
- Top N reasons NOT to do a Ph.D. in Bioinformatics/Computational Biology (in english), 2012.
- De
l'utilité (ou pas) d'une thèse en bioinformatique (en français), 2014.
- De la nécessité d'une pratique collaborative en bioinformatique (en français), 2014.
Interaction networks
- Uri Alon lab homepage
- Molecular Interaction Networks (Ulrich Stelzl group)
- Andreas Wagner lab homepage
- Complex Systems Lab, Bremen
Systems Biology Links and Resources
- A Glossary for Systems Biology
- Systems-Biology
- Arkin laboratory
- Systems Biology review, Chemical & Engineering News, 2003
- Systems Biology & Bioinformatics, Wolkenhauer (+)
- Peter Dittrich, Jena Univesity
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- Conference Service - Bioinformatics
- Conference Service - Systems Biology
- Worldwide Bioinformatics & Computational Biology Related Events (ICSB)
- A wiki for calls for papers
Modelling the topology of complex networks
Various scientific issues
- courses on the game theory, Frédéric KOESSLER
- Robert Rosen - Complexity and Life (numerous internet links)
- Complexity discussion group (numerous internet links)
- Principia Complexica (numerous internet links)
- Introduction to linear dynamical systems (S. Boyd)
- Introduction to kernel methods (J.-P. Vert)
Other stuff
Logics / specification / verification
- Mike Gordon course on specification and vérification (Hoare)
- Logics in Computer Science de M. Huth and M. Ryan
