Journée du pôle MDSC – 22 mai 2014

Programme



  9h30 - 10h00

Accueil

10h00 - 11h00

Michel Rueher
        Variations autour de la vérification sous contraintes

    La vérification de certaines propriétés critiques des logiciels est une contrainte de plus en plus forte pour des industriels dans des domaines aussi variés que le contrôle d'une centrale nucléaire, la construction automobile ou la gestion hospitalière.
    Dans cet exposé nous présenterons quelques apports des techniques de programmation par contraintes (CP) pour différentes tâches de ce processus de vérification. En particulier, pour des programmes contenant un nombre significatif d'instructions numériques, nous montrons que les techniques CP peuvent s'avérer efficaces:

  • Pour de la vérification de propriétés lorsqu'il est pertinent de borner le nombre de dépliages des boucles;
  • Pour la mise en évidence d'un risque réel d'instabilité;
  • Pour l'aide à la localisation des erreurs.
    Nous montrons aussi que les techniques CP s'avèrent bien plus efficaces lorsqu'elles sont  étroitement combinées avec des techniques comme l'interprétation abstraite,  que lorsqu'elles sont utilisées seules.

11h00 – 11h20

Pause café

11h20 – 12h00

Pierre-Alain Scribot
        Réseaux d'automates additifs

    Les réseaux d'automates booléens peuvent être vus comme cas particuliers des réseaux d'automates à alphabet fini. En vue de comprendre l'impact de la non-monotonie sur la dynamique, il est naturel de commencer par étudier les réseaux additifs, dont le cas booléen correspond aux réseaux xor. Je présenterai dans cet exposé comment l'approche algébrique permet de décrire la dynamique synchrone dans le cas où l'alphabet est un corps.

12h00 - 14h00

Déjeuner

14h00 - 15h00

Vincent Picard
        Steady-state analysis of reaction networks using random sequences generators

    Designing and analyzing stochastic models of reaction networks is a major issue of systems biology. The current and most popular approach is to use the Gillespie stochastic simulation algorithm (SSA) to simulate numerous random trajectories of the system and then estimate the means, variances, co-variances and higher-order moments from these samples. In this talk, I propose a very general stochastic framework relying on random sequences generators that encompasses the SSA and also other stochastic models. In this framework, techniques inspired from the analysis of algorithms (random walks, analytic combinatorics) can be used to derive the steady-state distributions of the trajectories which appear to be multivariate Gaussian distributions. I present several applications of these results including stochastic model validation using steady-state data and a constraints-based approach that generalizes flux balance analysis to the stochastic case.

15h00 - 15h40

Mohammed Rezgui
        Parallélisation en programmation par contraintes

    Durant cette présentation, j'évoquerai plusieurs méthodes de parallélisme existantes dans la programmation par contraintes. Je présenterai ensuite la méthode EPS pour résoudre des problèmes en parallèle qui donne des bons résultats sur une architecture multi-coeurs (avec 40 coeurs). Cependant, la méthode ne passe pas à l'échelle à partir d'une centaine de coeurs. En améliorant la méthode, EPS passe à l'échelle sur 512 coeurs. Nous terminons par une conclusion et les perspectives à envisager.

15h40 - 16h00

Pause café

16h00 - 16h40

Emilien Cornillon
        Réduction de réseau de régulation logique conservant des propriétés dynamiques.

    Dans le cadre de la modélisation discrète des réseaux de régulation génétique, la détermination de la dynamique peut s'avérer très délicate. La biologie ne pouvant pas fournir les paramètres dirigeant la dynamique, ils doivent être tous identifiés informatiquement. Malheureusement, les réseaux sont souvent de grande taille ce qui rend l'identification très longue.
    Dans cette présentation, je vous présenterai une méthode de réduction de ces réseaux. Elle permet de réduire le nombre de combinaisons de paramètres possible tout en conservant certaines propriétés importante de la dynamique.

17h00

Pot de clôture