Activité actuelle
- Paralléliser et distribuer les algorithmes
d'apprentissage sur une architecture multi-GPU pour une
médecine personnalisées
Dans le domaine biomédical, la numérisation systématique des données et l'utilisation d'outils de traitement ou d'aide à la décision se sont généralisés au cours de la dernière décennie. Les capacités à intégrer des données de plus en plus massives, souvent hétérogènes, et à réaliser des procédures d'analyse intensives en calcul sont devenues des éléments critiques pour de nombreuses recherches orientées vers l'acquisition de nouvelles connaissances, l'identification de facteurs de risques, le diagnostic, le traitement des pathologies, le suivi thérapeutique et l'estimation d'un pronostic.
Les recherches actuelles impliquent souvent l'acquisition ou la réutilisation de données des bases médico-administratives ou de cohortes de très grandes tailles (à l'image de projets emblématiques tels qu'ADNI dans le domaine de la maladie d'Alzheimer ou d'OFSEP dans le domaine de la sclérose en plaques) qui sont constituées à partir d'acquisitions réalisées dans les centres médicaux. Elles nécessitent une gestion rigoureuse des données collectées dans des contextes variables, avec des objectifs différents, par des équipements hétérogènes et souvent selon des protocoles différents. A ces éléments s'ajoutent le caractère sensible des données de santé, l'obligation de protéger la vie privée des patients et l'enjeu éthique du traitement et de la diffusion des connaissances produites.
Dans ce contexte où les données : 1) proviennent de sources hétérogènes plus ou moins bien interopérables, 2) sont consolidées / chainées en bases de plus en plus grandes afin de devenir statistiquement représentatives (analyses descriptives) et significatives (analyses comparatives), et 3) sont analysées par des chaines de traitements couteux tels que des algorithmes d'apprentissage, mes travaux de recherche attaquent les verrous scientifiques suivants :
- L'intégration de données biomédicales hétérogènes (structurées ou non), pouvant correspondre à plusieurs fragments d'une base ou d'une cohorte ou à des informations complémentaires sur un objet d'étude biomédical pouvant comporter une échelle de temps différente ou un périmètre de géolocalisation différent pour constituer un entrepot.
- La mise en oeuvre de chaines de traitement sur des ressources de calcul intensives mais néanmoins accessibles à des structures soin ou de santé. On s'intéressera en particulier aux algorithmes d'apprentissage profond (Deep Learning), qui, s'ils ont montré des performances inégalées dans la résolution de nombreux problèmes, sont aussi connus pour leurs besoins en puissance de calcul.
Précédentes équipes et activités contractuelles terminées
Equipe Rainbow
Intergiciel pour l'informatique ambiante
2009-12 CONTINUUM
: ANR VERSO
Interaction Homme-Machine
2011-13 STM3 : FUI AAP9
2009-10 M-PUB : FUI AAP6
Extensibilité du middleware
2007-2010 NEUROLOG
: ANR TLOG
2007-2007 MOBIVIP
: PREDIT
2001-2003 ASPECT
: Projet RNTL : "Application Service Provider Enhanced Component
Tools"
2001-2003 IMPACT :
Projet RNTL plate-forme : "Infrastructure et Middleware pour
Plates-formes è Composants Techniques"
2000-2004 ARCAD :
Projet RNTL : "Architecture Répartie extensible pour Composants
ADaptables"
Projet INRIA SARDES
Action CAR
2000-2002 Jumbo Beans : CTI CNET : "Composants EJB dupliqués et mobiles"
1999-2001 PETITA : ITEA Project : "Platform for Enhanced Provisioning of Terminal-independent Applications"
1999-2001 CESURE : Projet RNRT exploratoire : "Configuration et Exécution de Service pour les Usagers mobiles des Réseaux Etendus"
1999-2001 PAROL : Projet RNRT plate-forme : "Plate-forme d'Applications Réparties è Objets Libre"
1999-2001 SAMOA : Action de Recherche Coopérative INRIA : "Structure d'Accueil pour Applications Mobiles Adaptables"
1999-2001 Plum : Appel d'offre Télécom du CNRS : "Plate-forme Logicielle pour Usager Mobile - Application è un atelier pour l'apprentissage de la géométrie"
Projet INRIA SIRAC
Action Olan
1998-2000 C3DS : Esprit Long Term Research 24962 : "Coordination & Control of Complex Distributed Systems"
1996-1999 Broadcast - WG 22445 : ESPRIT Basic Research On Advanced Distributed Computing: from Algorithms to SysTems
1996-1998 Cabernet - 21035 : ESPRIT Network of Excellence in distributed computing systems architectures
Equipe Guide
Unité Mixte de Recherche Bull - CNRS
1992-1995 Broadcast - 6360 : ESPRIT Basic Research On Advanced Distributed Computing: from Algorithms to SysTems
1992-1995 Cabernet - 6361 : ESPRIT Network of Excellence in distributed computing systems architectures
1990-1993 Harness - 5279 : European Distributed System Integration Project
1989-1993 Comandos2 - 2071 : Construction and Management of Distributed Open Systems
1987-1989 Comandos1 - 834 : Construction and Management of Distributed Open Systems
Projet ConKer
Laboratoire de Génie Informatique de Grenoble
1985-1986 Supernode1 - 1085 : Operating Systems and Programming Environment for Parallel Computers