Page matériel pédagogique

Jean-Paul Comet, Université de Nice Sophia Antipolis

Année 2017-2018

Cours de Modélisation des réseaux génétiques [semestre 1] EPU département GB, 5ème année, Master 1 SVS BIM, 2017--2018.
  1. Transparents : 1ère partie du cours sur le lien avec les eq. diff.
  2. Transparents : 2de partie du cours sur les inclusions différentielles
  3. TD n.1 : lien équa. diff. et modélisation qualitative
  4. TD n.2 : les états singuliers
  5. Examen
Cours de Génie Logiciel et UML [semestre 1] EPU département GB 5ème année, Master 2 SVS BIM, 2017--2018.
  1. TD n.1 : GIT (en local).
  2. TD n.2 : GIT (projet partagé).
  3. Aide mémoire à propos de GIT : avec bitbucket.
  4. Transparents: Introduction à UML.
  5. Evaluation au travers d'un projet en groupe
Cours de Bases de données avancées et Interfaces [semestre 1] EPU département GB 5ème année, Master 2 SVS BIM, 2017--2018.
  1. Transparents : Introduction à HTML5 - CSS3, 33 pages.
  2. TD n.0 : installation d'un serveur de page web (au besoin)
  3. TD n.1 : Structure d'une page web HTML-CSS
  4. TD n.2 : Mise en forme d'un tableau en HTML-CSS, fichier parcours.css
  5. Evaluation au travers d'un projet en groupe
Enseignement de Bases de Données relationnelles [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, 2017--2018.
  1. TD n. 1 (sur papier)
  2. TD n. 2 (sur papier)
  3. TD n. 3 (sur machine) : installation et prise en main de XAMPP à télécharger ici
  4. TDs n. 4, 5 et 6 (sur machine):
  5. Fichiers au format windows (chaque ligne se termine par "\r\n"): repas, preference, menu
    Fichiers au format linux (chaque ligne se termine par "\n"): repas, preference, menu
  6. TD n. 7 (sur papier) : Construire un schéma entités-associations à partir d'une description informelle.
  7. TD n. 8 (sur papier) : les dépendances fonctionnelles.
  8. TD n. 9 (prise en main de OpenOffice.org Base, sur machine): repas.xls, preference.xls, menu.xls.
    aide-mémoire: pdf.
  9. Sujets d'examen: 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018.
Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 2] EPU département GB, 4ème année, Master 1 SVS BIM, 2017--2018.
  1. TD 1, sur les tris
  2. TD 2, sur le pattern matching
  3. TD 3, sur les graphes
  4. TD 4, sur les parcours de graphes et sur le plus court chemin
  5. TD 5, sur la programmation dynamique
  6. TD 6, sur l'alignement de séquences.
    quelques matrices de substitution: pam250.txt, pam30.txt, pam70.txt, blosum50.txt, blosum62.txt, blosum80.txt, blosum90.txt,
  7. Sujets d'examen : 2013, 2014, 2015 (a), 2015 (b), 2016, 2017, 2018.
Cours d'Outils Mathématiques pour la Biologie [semestre 1] EPU GB3, 2017--2018.
  1. TD n. 1 sur les équations différentielles simples, voir trame de correction de l'exercice 4.
  2. TD n. 2 sur quelques exemples en biologie, voir trame de correction de certains exercices.
  3. TD n. 3 sur les équations différentielles d'ordre 2. Une correction de l'exercice 3.
  4. TD n. 4 sur les systèmes dynamiques en dimension 2. Un fichier xls pour simuler le système de Lotka-Volterra. Une correction de l'exercice 1.
  5. Résumé sur la typologie des solutions des systèmes linéaires planaires.
  6. Sujets d'examen : 2014, 2015, 2016, 2017.
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) + Introduction aux Bases de données [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
Intervenants: G. Bernot, E. De Maria, J.-P. Comet

Années précédentes

A Nice

Enseignement d'Algorithmique pour la biologie [semestre 1] Master SVS, 2017--2018.
  1. Sujets d'examen : décembre 2015, décembre 2016
Introduction à la bioinformatique par la programmation (Python) [semestre 1] Master SVS, 2008--2016.
Cet enseignement n'a plus lieu depuis septembre 2016.

A Evry

  1. Cours de structures de données, M1-GBI.
    page du cours.
  2. Cours Modélisation et simulation avancées, M2-GBI.
    page du cours.
  3. Cours de génie logiciel, L3 informatique.
    page du cours.
  4. Cours d'Algorithmique pour la Bio-Informatique, DESS GBI.
    1. Support de cours (ps), 89 pages, Univ. d'Evry Val d'Essonne, Novembre 2002.
    2. Sujets des examens précédents : Exam Décembre 2002
  5. Introduction à l'Algorithmique pour la bioinformatique, IUP GBI Licence.
    page du cours.
  6. Introduction à la programmation Prolog, Licence Informatique.
    page du cours.
  7. Option BioInformatique, DESS CCI.
    1. Lien sur perl : Page générale, Débuter en Perl par F. Dagorn et O. Salaun
    2. Lien sur les pages de Bioperl :  Page générale,  tutorials,
    3. Lien sur les pages de R : Page générale
    4. Les sujets de TDs : TD1(ps), TD2(ps), TD3(ps), TD4(ps)
    5. Modélisation des réseaux de régulation : cours (ps, pdf)
    6. sujets d'examens de l'année 2003-2004 : Mars 2004,  Septembre 2004